本所於民國三十八年成立，成立初期暫租民房辦公，編制員工五人，主要辦理醫療業務。繼遷至中正路今草屯分局〈當時稱保甲事務所〉之臨時辦公處。民國四十二年之辦公廳落成為平房建築，辦理公共衛生、醫療、保健衛生業務。

　　隨著本鎮人口增加，與業務量擴增，廳舍不敷使用，民國六十九年改建成二樓磚造新辦公室於七十一年啟用沿用至民國98年6月止，現編制增為十八人。

　　民國七十一年為照顧偏遠地區民眾，在地方熱心人士捐款、購地並獲得政府補助下，分別成立北勢里衛生室與坪頂里衛生室二保健中心，提供交通不便地區民眾就醫便利及保健服務。

　　舊址因建築物老舊，空間擁擠，停車位不足民眾洽公及嬰幼兒預防接種極不方便，爰申請異地興建，並於民國95年獲中央對地方一般性補助款經費補助，擇定於草屯鎮公所後方之草溪路興建面積約1000平方公尺之3層樓建築物，並於民國98年完工啟用。

　　新建廳舍空間規劃以寬敞明亮無障礙為主，建構鎮民溫馨.親切.滿意的健康中心，並配合原有衛生保健志工組織，拓展服務範圍，期使鎮民健康得到妥善照護，以達預防保健醫療服務之目的。