本縣共劃分為南投、埔里、竹山三個醫療次區域，各醫療次區域現有醫療資源（醫院診所）如下：

一、南投醫療次區域:現有醫院為衛生福利部南投醫院、彰化基督教醫療財團法人南投基督教醫院、佑民醫療社團法人佑民醫院、惠和醫院、曾漢棋綜合醫院、衛生福利部草屯療養院六家，中醫診所49家、西醫診所117家、牙醫診所57家。

二、埔里醫療次區域:現有醫院為埔基醫療財團法人埔里基督教醫院、臺中榮民總醫院埔里分院二家，中醫診所 19家、西醫診所58家、牙醫診所18家

三、竹山醫療次區域:現有醫院為竹山秀傳醫療社團法人竹山秀傳醫院、東華醫院二家，中醫診所14家、西醫診所41家、牙醫診所14家。

如欲查詢 醫院評鑑/認證結果、設置科別、特殊專業服務資訊，可連結衛生福利部醫院資訊公開專區查詢

醫院評鑑資訊專區-首頁 (mohw.gov.tw)

如欲查詢 醫療機構之區域、醫事人員、就醫相關資訊，可連結衛生福利部衛生福利部醫事查詢系統

https://ma.mohw.gov.tw/masearch/

如欲查詢 友善就醫相關資訊、教材及衛教單張資源列表，可連結衛生福利部友善就醫資訊網

https://dep.mohw.gov.tw/DOMA/cp-6580-73095-106.html

如欲查詢 美容醫學相關資訊，可連結衛生福利部美容醫學資訊專區

https://dep.mohw.gov.tw/DOMA/lp-3240-106.html