本局檢驗科主要業務：執行食品、公共衛生檢驗、環境檢驗及其他有關事項，維護南投縣民身體健康及生活品質。

管理系統工作標準化，服務品質一致化，服務管理流程明朗化，以提供專業的測試及服務，經認證項目均能符合本手冊之規定。

本局實驗室於每年定期召開管理審查會議進行管理系統運作之審查，檢討當年品質目標達成情形及成果統計，並訂定下年度品質目標，以確保其持續的適合性及有效性。