本局置局長1人、副局長1人、技正1人，設醫政科、藥政及毒品防制科、食品科、保健科、疾病管制科、檢驗科、企劃及長期照護科、行政科、人事室、會計室、政風室等；置科長、主任、衛生教育指導員、技士、衛生稽查員、科員、技佐、辦事員、佐理員、助理員、書記等，編制總員額計64人。

　　全縣十三鄉鎮市設置13所衛生所(南投市衛生所、埔里鎮衛生所、竹山鎮衛生所、草屯鎮衛生所、集集鎮衛生所、名間鄉衛生所、中寮鄉衛生所、鹿谷鄉衛生所、水里鄉衛生所、魚池鄉衛生所、國姓鄉衛生所、信義鄉衛生所、仁愛鄉衛生所)及45處衛生室，設有醫師、藥師、醫事放射師、醫事檢驗師、物理治療師、護理師、護士、課員、衛生稽查員等，衛生局員額編制共64人、編制總員額計205人。