本局前身為南投縣衛生院成立於民國39年成立，民國51年嗣奉臺灣省政府令改制為南投縣衛生局，因應地方制度法於民國88年公布施行衛生局進行組織再造機關名稱再度更名為南投縣政府衛生局，依組織規程機關內部單位仍維持七課四室，惟將原以第一課、第二課、……、第七課，改依業務性質區分，設置醫政課、藥政課、食品課、保健課、疾病管制課、檢驗課、企劃課、總務室、會計室、人事室、政風室。復於97年度進行衛生局組織規程修訂，業務科名稱由課修訂為科，仍維持七科四室分別為醫政科、藥政科、食品衛生科、保健科、疾病管制科、檢驗科、企劃科、總務室、會計室、人事室、政風室，俾使公共衛生業務及健康政策的推展更有效率。
104年為因應毒品危害防制公共衛生需要及人口老化長期照顧業務需求，爰將藥政科修訂單位名稱為藥政及毒品防制科、企劃科修訂為企劃及長期照護科、總務科更名為行政科，以落實新興業務專責專辦，符合公共衛生需求。另於全縣十三鄉鎮市設置13所衛生所及45處衛生室，衛生局員額編制為64人、衛生所205人，負責推動本縣公共衛生及醫療保健業務。
另為因應人口結構改變與社會變遷及跨專業治理需求，衛生局奉令整合縣政資源分別成立長期照顧管理中心、毒品危害防制中心並設立社區心理衛生中心以符合民眾需求及強化社區個案管理。
本縣幅員遼闊總面積4,106平方公里，行政區域劃分為13鄉鎮市，人口數約47萬7千餘人，人口主要集中在南投、草屯、埔里、竹山、名間等鄉鎮市，全縣老年人口數約9萬8千餘人。
本縣公共衛生醫療保健議題除慢性病、傳染病及人口老化面臨長期照顧等議題外，亦面臨醫療資源普遍不足問題，為提供縣民全人健康照護，以達成全民均健之目標邁進，本局近年來推動重要公共衛生保健醫療服務項目，茲臚列如次：
- 積極與縣內醫院及鄰近醫學中心合作，引進專科醫師支援衛生所提供眼科、婦產科、胸腔內科、復健科及網路成癮特別門診等12科別之專科醫療提供縣民可近性門診服務。
- 為提升本縣各醫院醫療品質，積極協助縣內醫院向衛生福利部爭取補助經費充實醫療人力及設備，每年補助經費高達1億644萬元，大幅提升急救責任醫院急診醫療品質及解決小兒夜間急診問題。
- 為解決癌末臨終醫療照護問題，輔導臺中榮民總醫院埔里分院開設安寧病床12床跳脫安寧照護零資源。
- 解決信義、仁愛等山地鄉民眾就醫不便，與中國醫藥大學附設醫院及埔里基督教醫院結合健保資源，在山地鄉開辦「整合式醫療照護計畫IDS」導入完整包裹式醫療資源，為山地鄉民眾提供醫療服務免於奔波之苦。另於仁愛鄉翠華村偏遠地區開設24小時醫療服務。
- 本縣為觀光資源豐富為確保旅客安全，在合歡山、清境地區及日月潭伊達邵碼頭等旅遊景點分別開設假日及平日醫療站，提供遊客醫療服務。
- 建構縣民健康心理健康慢活，積極建構本縣健康心理服務網絡，在13鄉鎮市衛生所開設心理衛生諮商站，採預約免費方式提供心理諮商服導服務。
- 人口老化亦為本縣重要公共議題，服務面向涵蓋社政、衞政，為照顧失能失智者減輕照顧者負擔，本局積極規劃提供居家護理、專業及喘息服務，並在6處偏鄉衛生所開辦居家護理所提供就近服務，為簡化申請手續本局開辦網路申請便民服務。
- 食安問題近來為國人所重視議題，食品安全首重「源頭管理」，本縣為農業大縣茶葉、咖啡以及農特產加工品為本縣重要經濟物產，為讓全國民眾吃得安心，積極協同農業處加強農民農藥及食品添加物使用輔導管理，落實源頭管理，輔以後市場監測，善盡產地政府食安把關責任。
- 為提升慢性疾病及癌症早期發現及早治療預防併發症、殘障甚至死亡，每年由衛生所結合社區醫療群及社區資源於各鄉鎮市辦理「社區整合性預防保健健康篩檢」服務，提供社區就近性服務，透過次段預防大規模篩檢方式，及早發現臨床前期個案，給予適當的治療，以求在未來的死亡率及殘障率得以降低。
- 隨著銀髮族人口增加及家庭結構的改變，銀髮族慢性病患者的用藥照護問題，更需要專業藥事人員的介入與服務。衛生局結合社團法人南投縣藥師公會已接受藥事照護培訓之社區藥局專業藥師，走入社區提供銀髮族專業的藥事照護服務，營造良好的社區醫療體質，建立病患與醫師、藥師互相信賴依存的大家庭式健康照護體系，提升民眾自我照護能力，保護病人用藥安全，同時避免醫療資源浪費。
- 因為交通的便捷，整個世界成為了地球村，也因如此新興的傳染病的傳播更加快速，本縣以觀光大縣為縣政推展重點，本縣醫院及衛生所、旅宿業者、遊樂區業者建構綿密的傳染病通報網絡，以確保旅客安全的環境。
南投縣政府衛生局各項施政作為都是朝著「全人健康照護 全民均健樂活」目標來推動，也感受到每一位縣民對於保健服務及醫療資源的需求。衛生局始終以縣民的健康福祉為最大考量，傾聽民意，重視民眾的感受，並依循縣長的施政理念「『以和建縣』一直是南投施政的傳統，將持續落實並打造南投縣為『觀光首都』，塑造健康快樂幸福的宜居城鎮」，激發衛生局、所團隊潛能，發揮觀光首都城市競爭力。未來，我們還要更努力，整合社區醫療保健資源，同心協力打造「全人健康照護 全民均健樂活」之境界!